《寶可夢心金》（Pokémon HeartGold）和《寶可夢魂銀》（Pokémon SoulSilver）是任天堂在2009年為NDS平台推出的重製版遊戲，基於1999年發行的《寶可夢金》和《銀》版本。雖然兩款遊戲的劇情和核心玩法基本相同，但它們在以下方面存在一些差異：
版本獨有寶可夢：
與傳統的寶可夢系列遊戲一樣，不同版本中會有一些獨有的寶可夢。例如，《心金》中可以捕捉到拉帝亞斯（Latias），而《魂銀》中則可以捕捉到拉帝歐斯（Latios）。此外，一些寶可夢的出現機率或位置也可能有所不同。
封面神獸：
《心金》的封面神獸是鳳王（Ho-Oh），而《魂銀》的封面神獸是洛奇亞（Lugia）。這也影響了遊戲中部分劇情的呈現方式。
部分劇情細節：
雖然主線劇情基本相同，但在與封面神獸相關的劇情中，兩款遊戲的對話和場景會根據版本有所調整。
寶可夢追蹤器（Pokéwalker）：
兩款遊戲都附帶了寶可夢追蹤器（Pokéwalker），但某些特定寶可夢只能在特定版本的追蹤器中獲得。例如，《心金》的追蹤器可以捕捉到特定的寶可夢，而《魂銀》則有其他獨有的選擇。
遊戲內的寶可夢分佈：
部分寶可夢在野外出現的機率或地點會因版本而異。例如，某些寶可夢在《心金》中更容易捕捉，而在《魂銀》中則較為罕見。
總體來說，《心金》和《魂銀》的差異主要體現在版本獨有寶可夢、封面神獸以及部分劇情細節上，而遊戲的核心內容和玩法保持一致。玩家可以根據自己喜歡的封面神獸或特定寶可夢來選擇版本。