《寶可夢紅寶石/藍寶石》是《寶可夢》系列的第三世代作品，相較於前作《寶可夢金/銀》和《寶可夢紅/綠》，在玩法上有多項創新與改進，以下列舉主要的不同之處：
1. 新增雙打對戰系統
- 這是《寶可夢》系列首次引入雙打對戰模式，玩家可以同時派出兩隻寶可夢進行戰鬥。這不僅增加了戰鬥的策略性，也為遊戲帶來了更多變化。
2. 天氣系統的引入
- 遊戲中新增了天氣系統，例如晴天、雨天、沙暴和冰雹等。不同的天氣會影響寶可夢的戰鬥表現，例如某些招式威力增強或減弱，甚至影響寶可夢的特性發揮。
3. 特性與性格系統
- 每隻寶可夢都擁有獨特的「特性」，這些特性會在戰鬥中自動觸發，影響戰鬥的走向。此外，寶可夢還擁有「性格」，性格會影響寶可夢的屬性成長方向，進一步提升培養的深度。
4. 寶可夢華麗大賽
- 新增了「寶可夢華麗大賽」，這是一種與傳統戰鬥不同的玩法。玩家需要通過展示寶可夢的魅力來贏得比賽，這包括招式組合、協調性等要素。
5. 新區域與地圖設計
- 遊戲舞台設定在豐緣地區，地圖設計更加複雜，新增了許多新地形，例如沙漠、火山和海底洞窟等。玩家需要利用不同的交通工具（如自行車、潛水艇）來探索這些區域。
6. 寶可夢圖鑑升級
- 圖鑑系統進行了改進，新增了搜尋功能，玩家可以更方便地查找寶可夢的資訊。此外，圖鑑的界面也更加美觀。
7. 秘密基地系統
- 玩家可以在遊戲中創建屬於自己的「秘密基地」，並使用各種道具進行裝飾。還可以與其他玩家交換基地，增加了互動性。
8. 新增寶可夢與進化方式
- 遊戲中新增了135種新寶可夢，並引入了新的進化方式，例如使用特定道具或在特定地點進化。
9. 改進的圖像與音效
- 得益於GBA的硬體性能提升，遊戲的圖像更加精緻，色彩更加豐富。音效也得到了顯著提升，背景音樂更具沉浸感。
10. 多人連線功能
- 通過GBA的連線功能，玩家可以更方便地進行寶可夢交換和對戰，進一步提升了遊戲的社交體驗。
總體而言，《寶可夢紅寶石/藍寶石》在保持系列核心玩法的同時，加入了許多創新元素，為玩家帶來了更豐富的遊戲體驗。這些改進不僅提升了遊戲的深度和可玩性，也為後續作品奠定了基礎。