第二代寶可夢巢穴是《精靈寶可夢》系列遊戲中的一個重要元素，尤其是在《精靈寶可夢金·銀》及其重製版《精靈寶可夢心金·魂銀》中。這些巢穴通常是指寶可夢在野外聚集的地方，玩家可以在這些地方遇到並捕捉特定的寶可夢。
在第二代遊戲中，巢穴的設計更加豐富和多樣化。以下是一些著名的第二代寶可夢巢穴：
黑暗洞穴：位於城都地區的黑暗洞穴是許多地面和岩石屬性寶可夢的棲息地，玩家可以在這裡遇到如小拳石、穿山鼠等寶可夢。
龍穴：位於煙墨市的龍穴是龍屬性寶可夢的聚集地，玩家可以在這裡遇到迷你龍、哈克龍等稀有寶可夢。
漩渦島：位於城都地區的漩渦島是傳說中的寶可夢洛奇亞的棲息地，玩家需要完成一系列任務才能進入並捕捉洛奇亞。
白銀山：位於城都地區的白銀山是許多強大寶可夢的棲息地，玩家可以在這裡遇到如班基拉斯、暴鯉龍等高等級寶可夢。
鈴鐺塔：位於圓朱市的鈴鐺塔是傳說中的寶可夢鳳王的棲息地，玩家需要完成一系列任務才能進入並捕捉鳳王。
這些巢穴不僅為玩家提供了捕捉稀有寶可夢的機會，還增加了遊戲的探索性和挑戰性。玩家需要仔細研究每個巢穴的特點和寶可夢的出現規律，才能更有效地捕捉到自己想要的寶可夢。