第二代寶可夢（即《寶可夢金·銀》和《寶可夢水晶》中的寶可夢）的進化方式與第一代類似，但也有一些新的進化機制被引入。以下是一些第二代寶可夢的進化方式：
等級進化：大多數寶可夢通過提升等級來進化。例如，小鋸鱷在18級進化為藍鱷，再在30級進化為大力鱷。
使用進化石：部分寶可夢需要使用特定的進化石來進化。例如，皮丘使用雷之石進化為雷丘，波克比使用光之石進化為波克基古。
親密度進化：第二代引入了親密度機制，部分寶可夢在與訓練家的親密度達到一定值後進化。例如，小福蛋在親密度達到220後進化為吉利蛋。
交換進化：部分寶可夢需要通過交換來進化。例如，勇吉拉通過交換進化為胡地。
特定條件進化：部分寶可夢需要滿足特定條件才能進化。例如，飛天螳螂需要攜帶金屬塗層並通過交換進化為巨鉗螳螂。
時間進化：部分寶可夢的進化與遊戲內的時間有關。例如，黑暗鴉在夜晚進化為烏鴉頭頭。
性別進化：部分寶可夢的進化與性別有關。例如，雌性的奇魯莉安可以進化為沙奈朵，而雄性的奇魯莉安可以進化為艾路雷朵。
這些進化方式增加了遊戲的多樣性和策略性，使得玩家需要更加關注寶可夢的成長和培養。