做夢通常發生在快速眼動睡眠（REM sleep）階段，這是睡眠週期的最後一個階段。在這個階段，大腦活動變得更加活躍，眼部肌肉開始快速運動，心率和呼吸也變得不規則，類似於清醒時的狀態。做夢是REM睡眠的一個特徵，這個時候大腦會處理和整合白天所接收到的資訊，並進行創意和情緒的處理。
然而，做夢並不一定只在REM睡眠階段發生。在非快速眼動睡眠（NREM sleep）的較淺層階段，也可能會有夢境出現，但這些夢通常比較模糊和片段，不像REM睡眠時的夢那樣生動和連貫。
深層睡眠則是指睡眠週期的非快速眼動階段中，較為深入的睡眠狀態。在這個階段，身體和腦部的活動都會減慢，肌肉放鬆，難以被喚醒，身體開始進行修復和再生。深層睡眠對於身體的恢復和成長非常重要，因為這個時候生長激素的分泌增加，細胞修復和免疫系統的強化也較為活躍。
總結來說，做夢主要發生在快速眼動睡眠階段，而深層睡眠則是指非快速眼動睡眠階段中較深入的睡眠狀態。兩者都是睡眠中重要的部分，對於身體和心理的健康都有著不同的作用。