在《寶可夢 劍／盾》中，不同版本會有一些特定的寶可夢只能在特定版本中捕捉或獲得。以下是一些主要的版本限定寶可夢：
《寶可夢 劍》限定寶可夢：
- 單首龍（Deino）
- 雙首暴龍（Zweilous）
- 三首惡龍（Hydreigon）
- 心鱗寶（Jangmo-o）
- 鱗甲龍（Hakamo-o）
- 杖尾鱗甲龍（Kommo-o）
- 毛頭小鷹（Rufflet）
- 勇士雄鷹（Braviary）
- 巨石丁（Stonjourner）
- 伽勒爾小火馬（Galarian Ponyta）的進化型伽勒爾烈焰馬（Galarian Rapidash）
《寶可夢 盾》限定寶可夢：
- 幼基拉斯（Larvitar）
- 沙基拉斯（Pupitar）
- 班基拉斯（Tyranitar）
- 黏黏寶（Goomy）
- 黏美兒（Sliggoo）
- 黏美龍（Goodra）
- 禿鷹丫頭（Vullaby）
- 禿鷹娜（Mandibuzz）
- 冰砌鵝（Eiscue）
- 伽勒爾小火馬（Galarian Ponyta）
這些寶可夢在各自的版本中更容易捕捉，但如果想要獲得另一版本的限定寶可夢，可以通過與其他玩家交換來獲得。此外，部分寶可夢在不同版本中出現的機率也有所不同，例如伽勒爾小火馬在《寶可夢 盾》中更容易遇到，而其進化型伽勒爾烈焰馬則在《寶可夢 劍》中更常見。