台灣地區最強的寶可夢通常取決於訓練家的策略和寶可夢的培養方式。在《寶可夢》系列遊戲中，並沒有特定於台灣地區的最強寶可夢，因為寶可夢的強度和表現主要取決於其個體值、努力值、性格、技能搭配以及訓練家的對戰策略。
然而，一些寶可夢因其強大的屬性和技能組合而在全球範圍內被認為是強大的寶可夢，例如：
- 超夢（Mewtwo）：作為傳說中的寶可夢，超夢擁有極高的特攻和速度，使其在對戰中非常具有威脅性。
- 烈空坐（Rayquaza）：另一隻傳說中的寶可夢，烈空坐擁有強大的攻擊力和多樣的技能選擇，尤其是其Mega進化形態更是強大。
- 蓋歐卡（Kyogre）和 固拉多（Groudon）：這兩隻傳說中的寶可夢分別掌控著海洋和大地，擁有極高的戰鬥力和獨特的天氣控制能力。
- 甲賀忍蛙（Greninja）：尤其是其「羈絆變身」形態，甲賀忍蛙在速度和攻擊力上都非常出色，是許多訓練家的首選。
在台灣地區的寶可夢社群中，訓練家們通常會根據當前的對戰環境和流行趨勢來選擇和使用寶可夢。因此，最強的寶可夢可能會隨著時間和對戰環境的變化而有所不同。