周公文廟以孔子為主祀的原因主要在於孔子對儒家文化的巨大貢獻以及他在後世文化中的重要地位。周公作為周朝的重要政治家和禮樂制度的奠基者，雖然對中國古代文化和政治制度有深遠影響，但孔子作為儒家學派的創始人，其思想和學說在後世的影響更為廣泛和深遠。
孔子提倡的「仁」、「禮」、「孝」等思想成為中國傳統文化的核心，他的教育理念和政治主張對中國乃至東亞地區的文化、教育、政治產生了深刻影響。自漢代以來，儒家思想被確立為官方意識形態，孔子被尊為「至聖先師」，成為中華文化的象徵。因此，在文廟中，孔子作為主祀對象，體現了後世對其思想貢獻的尊崇和傳承。
此外，文廟的功能主要是祭祀孔子及歷代儒家先賢，弘揚儒家文化，而周公作為禮樂制度的奠基者，更多被視為政治和文化的開創者，其地位在文廟中常以配祀的形式體現。這種安排也反映了後世對孔子及其儒家思想的重視。