國軍的心理輔導制度最早可追溯至抗日戰爭時期。當時，由於戰爭環境的嚴酷和士兵心理壓力的增加，國民政府開始意識到心理輔導的重要性，並在軍隊中初步設立了心理輔導相關的職位和機構，以幫助士兵應對戰爭帶來的心理創傷。
1949年國民政府遷台後，隨著台灣社會的發展和軍隊現代化建設的推進，心理輔導制度逐漸得到完善。特別是在1960年代至1970年代，隨著心理學在台灣的普及和發展，國軍開始系統性地引入心理學理論和方法，加強了對官兵的心理健康管理和輔導工作。
進入21世紀，隨著全球對心理健康的重視，國軍的心理輔導制度也進一步得到了強化和現代化。目前，國軍設有專門的心理輔導中心，並配備了專業的心理輔導人員，為官兵提供全面的心理健康服務，包括心理諮詢、心理危機干預、心理健康教育等，以維護官兵的心理健康，提升軍隊的整體戰鬥力。