寶可夢第二世代（金、銀、水晶版）中，有許多稀有且備受玩家喜愛的寶可夢。以下是一些代表性的稀有寶可夢：
炎帝
炎帝是傳說中的三聖獸之一，擁有火屬性。它通常會在玩家擊敗或捕捉鳳王后隨機出現在地圖的草叢中，位置不固定，追蹤難度較高。
雷公
雷公同樣是三聖獸之一，擁有電屬性。與炎帝類似，它也會在擊敗鳳王后隨機出現在地圖上，玩家需要耐心尋找。
水君
水君是三聖獸中的水屬性寶可夢，以其優雅的外形和強大的能力著稱。它同樣會在擊敗鳳王后隨機出現在地圖上。
鳳王
鳳王是第二世代的封面神獸之一，擁有火屬性和飛行屬性。它位於鈴鐺塔的頂端，玩家需要完成一系列任務才能到達並捕捉它。
洛奇亞
洛奇亞是第二世代的另一隻封面神獸，擁有超能力和飛行屬性。它位於漩渦島的深處，玩家需要解決迷宮謎題才能找到它。
時拉比
時拉比是一隻稀有的幻之寶可夢，擁有超能力和草屬性。在正常遊戲中無法捕捉，只能通過特殊活動或配信獲得。
未知圖騰
未知圖騰是一種形態多樣的寶可夢，共有28種不同的形態（對應26個字母和2個符號）。它們分布在阿露福遺蹟中，收集所有形態需要花費大量時間。
大奶罐
大奶罐是普通屬性的寶可夢，雖然不算傳說寶可夢，但在遊戲中非常稀有。玩家只能在特定的地點（如滿金市的寶可夢中心）通過交換獲得。
這些寶可夢因其稀有性和強大的能力而備受玩家追捧，捕捉它們需要一定的技巧和耐心。