《寶可夢傳說 阿爾宙斯》的二週目主線劇情在玩家完成一週目後展開，進一步深化了遊戲的故事和世界觀。以下是二週目主線的主要內容概述：
調查時空扭曲現象
二週目開始後，玩家會被要求調查洗翠地區出現的時空扭曲現象。這些扭曲會隨機出現在地圖上，並帶來來自其他時空的稀有寶可夢和道具。玩家需要進入這些區域，捕捉或對抗這些寶可夢，並收集相關數據。
與銀河隊的進一步合作
玩家將與銀河隊的成員（如星月、拉苯博士等）合作，進一步研究洗翠地區的生態和時空扭曲的原因。銀河隊的任務會更加複雜，要求玩家捕捉特定的寶可夢或完成特定的調查任務。
解鎖新的寶可夢和區域
在二週目中，玩家可以解鎖更多稀有寶可夢的出現條件，並進一步探索洗翠地區的隱藏區域。這些區域可能包含傳說寶可夢或特殊的劇情觸發點。
挑戰傳說寶可夢
二週目的核心內容之一是捕捉更多的傳說寶可夢。玩家需要完成一系列任務來解鎖與這些寶可夢的對戰機會，例如騎拉帝納、克雷色利亞等。這些對戰通常具有挑戰性，需要玩家精心準備隊伍。
揭開洗翠地區的秘密
隨著調查的深入，玩家將逐步揭開洗翠地區的歷史和時空扭曲的真相。這包括與阿爾宙斯的進一步互動，以及了解洗翠地區與現代寶可夢世界的聯繫。
完成圖鑒和最終任務
二週目的最終目標是完成寶可夢圖鑒，並觸發與阿爾宙斯的終極對戰。玩家需要捕捉或研究所有寶可夢，並完成所有主線和支線任務，才能解鎖這一結局。
總的來說，二週目主線延續了一週目的探索和調查主題，同時增加了更多挑戰性和深度的內容，讓玩家能夠更全面地體驗洗翠地區的獨特魅力。