第三世代的《寶可夢》系列始於2002年發行的《寶可夢 紅寶石》和《寶可夢 藍寶石》，並在2004年推出了《寶可夢 綠寶石》。這一世代引入了135種新的寶可夢，總數達到386種。以下是一些第三世代中的代表性寶可夢：
- 木守宮（Treecko） - 草系初始寶可夢，進化為森林蜥蜴（Grovyle），最終進化為蜥蜴王（Sceptile）。
- 火稚雞（Torchic） - 火系初始寶可夢，進化為力壯雞（Combusken），最終進化為火焰雞（Blaziken）。
- 水躍魚（Mudkip） - 水系初始寶可夢，進化為沼躍魚（Marshtomp），最終進化為巨沼怪（Swampert）。
- 拉魯拉絲（Ralts） - 超能力/妖精系寶可夢，進化為奇魯莉安（Kirlia），最終可進化為沙奈朵（Gardevoir）或艾路雷朵（Gallade）。
- 可可多拉（Aron） - 鋼/岩石系寶可夢，進化為可多拉（Lairon），最終進化為波士可多拉（Aggron）。
- 吼吼鯨（Wailmer） - 水系寶可夢，進化為吼鯨王（Wailord）。
- 沙漠蜻蜓（Flygon） - 地面/龍系寶可夢，由大顎蟻（Trapinch）進化而來。
- 巨金怪（Metagross） - 鋼/超能力系寶可夢，由鐵啞鈴（Beldum）進化而來。
第三世代的寶可夢設計風格多樣，並且引入了許多新的機制，如雙打對戰、寶可夢特性、以及天氣系統等，這些都對後續的遊戲產生了深遠的影響。