《寶可夢劇場版》的時間線與《寶可夢》電視動畫系列緊密相連，但每部劇場版的具體時間點並不完全明確。以下是按照劇場版上映順序排列的時間線概述：
《寶可夢：超夢的逆襲》（1998年）
這是第一部劇場版，故事發生在小智剛成為寶可夢訓練家不久後，大約在電視動畫的早期階段。
《寶可夢：洛奇亞的爆誕》（1999年）
故事發生在橘子群島的冒險期間，小智一行人前往橘子群島參加寶可夢聯盟比賽。
《寶可夢：結晶塔的帝王》（2000年）
故事發生在小智從橘子群島回到關都地區後，時間點大約在電視動畫的第二季。
《寶可夢：雪拉比 穿梭時空的相遇》（2001年）
故事發生在城都地區的冒險期間，小智一行人遇到了穿越時空的雪拉比。
《寶可夢：水都的守護神 拉帝亞斯與拉帝歐斯》（2002年）
故事發生在城都地區的冒險後期，小智一行人來到水都奧多馬雷。
《寶可夢：七夜的許願星 基拉祈》（2003年）
故事發生在豐緣地區的冒險期間，小智一行人遇到了傳說中的寶可夢基拉祈。
《寶可夢：裂空的訪問者 代歐奇希斯》（2004年）
故事發生在豐緣地區的冒險後期，小智一行人遇到了來自宇宙的寶可夢代歐奇希斯。
《寶可夢：夢幻與波導的勇者 路卡利歐》（2005年）
故事發生在豐緣地區的冒險結束後，小智一行人前往新的地區。
《寶可夢：寶可夢保育家與蒼海的王子 瑪納霏》（2006年）
故事發生在小智一行人前往神奧地區之前。
《寶可夢：帝牙盧卡VS帕路奇亞VS達克萊伊》（2007年）
故事發生在神奧地區的冒險期間，小智一行人遇到了時間與空間的寶可夢。
《寶可夢：騎拉帝納與冰空的花束 潔咪》（2008年）
故事發生在神奧地區的冒險後期，小智一行人遇到了反轉世界的寶可夢騎拉帝納。
《寶可夢：阿爾宙斯 超克的時空》（2009年）
故事發生在神奧地區的冒險結束後，小智一行人遇到了創世神阿爾宙斯。
《寶可夢：幻影的霸者 索羅亞克》（2010年）
故事發生在合眾地區的冒險期間，小智一行人遇到了幻影寶可夢索羅亞克。
《寶可夢：比克提尼與黑英雄 捷克羅姆 / 白英雄 萊希拉姆》（2011年）
故事發生在合眾地區的冒險期間，小智一行人遇到了傳說中的寶可夢捷克羅姆和萊希拉姆。
《寶可夢：酋雷姆VS聖劍士 凱路迪歐》（2012年）
故事發生在合眾地區的冒險後期，小智一行人遇到了傳說中的寶可夢酋雷姆。
《寶可夢：神速的蓋諾賽克特 超夢覺醒》（2013年）
故事發生在合眾地區的冒險結束後，小智一行人回到了關都地區。
《寶可夢：破壞之繭與蒂安希》（2014年）
故事發生在卡洛斯地區的冒險期間，小智一行人遇到了傳說中的寶可夢蒂安希。
《寶可夢：光環的超魔神 胡帕》（2015年）
故事發生在卡洛斯地區的冒險後期，小智一行人遇到了傳說中的寶可夢胡帕。
《寶可夢：波爾凱尼恩與機巧的瑪機雅娜》（2016年）
故事發生在卡洛斯地區的冒險結束後，小智一行人前往新的地區。
《寶可夢：就決定是你了！》（2017年）
這是《寶可夢》系列20周年的紀念作品，重新講述了小智與皮卡丘初次相遇的故事。
《寶可夢：我們的故事》（2018年）
故事發生在阿羅拉地區的冒險期間，小智一行人遇到了傳說中的寶可夢捷拉奧拉。
《寶可夢：超夢的逆襲 EVOLUTION》（2019年）
這是《超夢的逆襲》的3D重製版，故事內容與原版相同。
《寶可夢：可可》（2020年）
故事發生在小智與皮卡丘的冒險中，小智遇到了被寶可夢撫養長大的少年可可。
《寶可夢：皮卡丘和可可的冒險》（2021年）
這是《可可》的擴展版本，進一步講述了可可的故事。
《寶可夢：光之軌跡》（2022年）
故事發生在小智與皮卡丘的冒險中，小智一行人遇到了傳說中的寶可夢阿爾宙斯。
《寶可夢：幻之寶可夢 基格爾德》（2023年）
故事發生在小智與皮卡丘的冒險中，小智一行人遇到了傳說中的寶可夢基格爾德。
每部劇場版雖然獨立成篇，但都與電視動畫的主線劇情有一定關聯，時間線大致按照電視動畫的進度推進。