在《寶可夢劍盾》中，有許多稀有寶可夢，這些寶可夢通常難以在遊戲中遇到，或者需要特定條件才能捕捉。以下是一些在《寶可夢劍盾》中較為稀有的寶可夢：
超夢：超夢是傳說中的寶可夢，通常需要透過特殊活動或配信才能獲得。
夢幻：夢幻是神話寶可夢，通常只能透過特殊活動或配信獲得。
基拉祈：基拉祈是神話寶可夢，通常需要透過特殊活動或配信才能獲得。
索爾迦雷歐和露奈雅拉：這兩隻傳說寶可夢分別是《寶可夢劍》和《寶可夢盾》的版本限定寶可夢，需要透過交換或特殊活動獲得。
蒼響和藏瑪然特：這兩隻傳說寶可夢分別是《寶可夢劍》和《寶可夢盾》的封面神獸，通常只能在遊戲的主線劇情中捕捉一次。
無極汰那：無極汰那是《寶可夢劍盾》中的傳說寶可夢，只能在遊戲的主線劇情中捕捉一次。
三神鳥（急凍鳥、閃電鳥、火焰鳥）：這些傳說寶可夢在《寶可夢劍盾》的DLC《冠之雪原》中可以遇到，但捕捉難度較高。
雷吉奇卡斯：雷吉奇卡斯是傳說寶可夢，需要透過特定條件才能在《冠之雪原》中捕捉。
凱路迪歐：凱路迪歐是神話寶可夢，通常需要透過特殊活動或配信獲得。
美錄坦和美錄梅塔：這些寶可夢是與《Pokémon GO》聯動的特殊寶可夢，通常需要透過特殊活動獲得。
這些寶可夢通常需要玩家投入較多時間和精力才能獲得，有些甚至只能在特定活動期間捕捉或獲得。