《寶可夢》系列中的反派組織通常以征服世界、操控傳說中的寶可夢或進行非法實驗為目標，以下是幾個著名的反派組織：
火箭隊（Team Rocket）
首次出現在《寶可夢 紅/綠/藍》中，是系列中最經典的反派組織。火箭隊由坂木老大領導，目標是通過非法手段獲取珍貴的寶可夢來牟利，並試圖控制傳說中的寶可夢超夢。火箭隊的標誌性成員包括武藏、小次郎和喵喵，他們在動畫中經常登場，雖然搞笑但也不乏威脅性。
熔岩隊（Team Magma）與海洋隊（Team Team Aqua）
出現在《寶可夢 紅寶石/藍寶石/綠寶石》中，這兩個組織的目標相互對立。熔岩隊希望擴張陸地，讓寶可夢有更多生存空間；海洋隊則希望擴張海洋，讓寶可夢回歸原始環境。兩者分別試圖操控傳說中的寶可夢固拉多和蓋歐卡，但最終引發了災難。
銀河隊（Team Galactic）
出現在《寶可夢 鑽石/珍珠/白金》中，由赤日領導。銀河隊的目標是創造一個新的宇宙，消滅現有的世界。他們試圖操控傳說中的寶可夢帝牙盧卡和帕路奇亞來實現這一目標。
等離子隊（Team Plasma）
出現在《寶可夢 黑/白》中，由魁奇思領導。等離子隊宣稱要解放寶可夢，讓它們脫離訓練家的控制，但實際上他們的真實目的是利用傳說中的寶可夢萊希拉姆或捷克羅姆來統治世界。
閃焰隊（Team Flare）
出現在《寶可夢 X/Y》中，由弗拉達利領導。閃焰隊的目標是創造一個「美麗的新世界」，並通過傳說中的寶可夢哲爾尼亞斯或伊裴爾塔爾來實現這一目標。他們的行動充滿了對財富和權力的追求。
骷髏隊（Team Skull）與以太基金會（Aether Foundation）
出現在《寶可夢 太陽/月亮》中。骷髏隊是一群被社會邊緣化的不良少年，主要進行破壞活動；而以太基金會表面上是保護寶可夢的組織，實際上是反派組織，試圖利用傳說中的寶可夢索爾迦雷歐或露奈雅拉來實現其野心。
這些反派組織不僅為遊戲增添了緊張感，也通過他們的行動揭示了關於環境、科技和社會的深刻主題。