《寶可夢 晶燦鑽石》和《寶可夢 明亮珍珠》是《寶可夢》系列中的重製作品，基於2006年發行的《寶可夢 鑽石》和《寶可夢 珍珠》進行了全面升級。這兩款遊戲在核心內容上基本相同，但存在一些細微的差異，主要體現在以下幾個方面：
版本限定寶可夢
與原版一樣，兩款遊戲各自擁有版本限定的寶可夢。例如，《晶燦鑽石》中可以捕獲鑽石版獨有的寶可夢，如「帝牙盧卡」，而《明亮珍珠》則可以捕獲珍珠版獨有的寶可夢，如「帕路奇亞」。此外，其他一些寶可夢也僅在特定版本中出現。
地下大洞窟的差異
在《晶燦鑽石》中，地下大洞窟中出現的寶可夢雕像以岩石屬性為主，而《明亮珍珠》中則以水屬性為主。這會影響玩家在地下大洞窟中捕捉寶可夢的種類。
遊戲封面與主題
兩款遊戲的封面神獸分別為帝牙盧卡（《晶燦鑽石》）和帕路奇亞（《明亮珍珠》），這也反映了遊戲的主題與故事背景的差異。帝牙盧卡代表時間，而帕路奇亞代表空間。
部分NPC與劇情細節
雖然主線劇情基本相同，但在某些NPC對話或劇情細節上，兩款遊戲會根據版本的不同而有所調整，以呼應各自的主題。
遊戲外觀與風格
由於封面神獸和主題的不同，遊戲的整體視覺風格和部分場景設計也會有所區別，例如主選單的配色和部分UI設計。
總體來說，《晶燦鑽石》和《明亮珍珠》的差異主要體現在版本限定內容和部分細節上，核心玩法與劇情保持一致。玩家可以根據自己對封面神獸或特定寶可夢的偏好來選擇版本。