在《寶可夢 朱／紫》中，玩家可以挑戰五位寶主寶可夢，這些寶主寶可夢各自守護著不同的秘傳調味料。挑戰寶主寶可夢的順序可以根據玩家的喜好和遊戲進度來決定，但一般推薦的挑戰順序如下：
岩壁寶主（岩壁寶主）
地點：南第1區
寶可夢：毛崖蟹
秘傳調味料：甜味料
能力解鎖：坐騎寶可夢的衝刺能力
長空寶主（長空寶主）
地點：西第1區
寶可夢：下石鳥
秘傳調味料：酸味料
能力解鎖：坐騎寶可夢的高跳能力
潛鋼寶主（潛鋼寶主）
地點：東第2區
寶可夢：拖拖蚓
秘傳調味料：鹹味料
能力解鎖：坐騎寶可夢的滑翔能力
土震寶主（土震寶主）
地點：北第3區
寶可夢：雄偉牙（朱版）／鐵轍跡（紫版）
秘傳調味料：辣味料
能力解鎖：坐騎寶可夢的攀岩能力
偽龍寶主（偽龍寶主）
地點：大鍋湖
寶可夢：吃吼霸
秘傳調味料：苦味料
能力解鎖：坐騎寶可夢的游泳能力
這個順序是基於解鎖坐騎寶可夢能力的需求來安排的，可以幫助玩家更順利地探索帕底亞地區。當然，玩家也可以根據自己的喜好和遊戲進度來調整挑戰順序。