水箭龜作為水屬性和鋼屬性的寶可夢，其弱點主要集中在電屬性和草屬性。以下是水箭龜的主要剋星：
電屬性寶可夢：電屬性招式對水箭龜有雙倍傷害，常見的電屬性寶可夢包括雷丘、電龍、閃電鳥等。這些寶可夢使用電屬性招式可以快速削弱水箭龜的戰鬥力。
草屬性寶可夢：草屬性招式同樣對水箭龜有雙倍傷害，常見的草屬性寶可夢包括妙蛙花、蜥蜴王、熱帶龍等。草屬性寶可夢不僅能有效克制水箭龜，還能通過高特攻招式迅速擊敗它。
高特攻寶可夢：水箭龜的特防相對較低，因此高特攻的寶可夢（如超夢、太陽伊布等）可以通過強力的特攻招式對其造成大量傷害。
地面屬性寶可夢：雖然地面屬性招式對水箭龜沒有雙倍傷害，但地面屬性寶可夢通常具備高攻擊力，能夠通過物理攻擊對水箭龜造成威脅。
特殊戰術寶可夢：一些具備特殊戰術的寶可夢（如使用「劍舞」或「龍舞」強化攻擊的寶可夢）也可以通過強化後的招式對水箭龜造成致命打擊。
總的來說，電屬性和草屬性寶可夢是水箭龜的主要剋星，而高特攻和地面屬性寶可夢也能對其構成威脅。