在寶可夢的第三代遊戲中（即《寶可夢 紅寶石/藍寶石/綠寶石》），寶可夢的稀有度通常通過其在遊戲中的出現率、捕捉難度以及進化條件來體現。以下是一些在第三代遊戲中較為稀有的寶可夢：
拉帝亞斯（Latias）和拉帝歐斯（Latios）：這兩隻傳說中的寶可夢在遊戲中只能遇到一次，且它們的出現地點會隨機變化。玩家需要通過特定的劇情事件才能遇到它們，捕捉難度較高。
基拉祈（Jirachi）：這隻傳說中的寶可夢通常只能通過特殊活動或配信獲得，無法在正常遊戲中捕捉。
代歐奇希斯（Deoxys）：這隻傳說中的寶可夢在《寶可夢 綠寶石》中可以通過特定的事件島嶼遇到，但在《紅寶石/藍寶石》中則需要通過特殊活動獲得。
雷吉洛克（Regirock）、雷吉艾斯（Regice）和雷吉斯奇魯（Registeel）：這三隻傳說中的寶可夢分布在不同的遺蹟中，玩家需要解開特定的謎題才能遇到它們。
蓋歐卡（Kyogre）和固拉多（Groudon）：這兩隻傳說中的寶可夢分別在《藍寶石》和《紅寶石》中出現，玩家在劇情中會遇到它們，捕捉難度較高。
烈空坐（Rayquaza）：這隻傳說中的寶可夢在《綠寶石》中出現在天空之柱的頂端，玩家需要完成特定的劇情後才能遇到它。
幻影寶可夢（如夢幻、時拉比等）：這些寶可夢通常只能通過特殊活動或配信獲得，無法在正常遊戲中捕捉。
這些寶可夢因其稀有性和強大的能力，成為了許多玩家夢寐以求的收藏。