截至我的知識更新日期（2023年），《寶可夢》系列遊戲已經推出了多款作品，每一款都有其獨特的故事線和劇情。要對這些遊戲的劇情進行排名是一件主觀的事情，因為每個玩家的喜好和感受都不同。然而，根據遊戲的受歡迎程度、故事深度和玩家的反饋，這裡列出一些被認為是《寶可夢》系列中劇情較為出色的遊戲：
《寶可夢 心金/魂銀》（Pokémon HeartGold and SoulSilver）：這是一款重製版遊戲，基於初代的《寶可夢 金/銀》，但增加了許多新的內容和改進。遊戲的故事線保持了原作的精髓，同時提供了更豐富的遊戲體驗。
《寶可夢 黑/白》（Pokémon Black and White）：這款遊戲引入了全新的地區和寶可夢，其故事圍繞著對立團隊的衝突和主角的成長。遊戲中的角色刻畫和故事深度受到了許多玩家的好評。
《寶可夢 黑2/白2》（Pokémon Black 2 and White 2）：這是一款續作，發生在《寶可夢 黑/白》的事件之後。遊戲提供了新的故事線和角色，同時保留了前作的許多元素。
《寶可夢 紅/藍》（Pokémon Red and Blue）：作為《寶可夢》系列的開山之作，這款遊戲的故事簡單而經典，奠定了整個系列的基礎。
《寶可夢 火紅/葉綠》（Pokémon FireRed and LeafGreen）：這是一款重製版遊戲，基於初代的《寶可夢 紅/綠》，但增加了新的元素和改進。遊戲的故事線與原作相似，但提供了更好的遊戲體驗。
《寶可夢 鑽石/珍珠》（Pokémon Diamond and Pearl）：這款遊戲引入了全新的地區和寶可夢，其故事圍繞著對立團隊的衝突和主角的成長。
《寶可夢 紅寶石/藍寶石》（Pokémon Ruby and Sapphire）：這款遊戲引入了全新的地區和寶可夢，其故事圍繞著對立團隊的衝突和主角的成長。
《寶可夢 歐米伽紅/阿爾法藍》（Pokémon Omega Ruby and Alpha Sapphire）：這是一款重製版遊戲，基於《寶可夢 紅寶石/藍寶石》，但增加了許多新的內容和改進。遊戲的故事線保持了原作的精髓，同時提供了更豐富的遊戲體驗。
請注意，這僅是一個大致的排名，而且隨著新遊戲的推出，這個排名可能會發生變化。此外，《寶可夢》系列還有一些外傳遊戲，如《寶可夢 探險尋寶》和《寶可夢 隨樂拍》，這些遊戲通常不以其劇情著稱，而是以其獨特的遊戲玩法和風格吸引玩家。