在《寶可夢傳說 阿爾宙斯》中，頭目寶可夢與普通寶可夢有明顯的區別，主要體現在以下幾個方面：
外觀差異
頭目寶可夢的體型比普通寶可夢大得多，並且身上會散發出紅色的光芒，這使得它們在野外非常顯眼。
能力提升
頭目寶可夢的基礎能力值（如HP、攻擊、防禦等）比普通寶可夢更高，戰鬥中更具威脅性。
戰鬥難度
頭目寶可夢在戰鬥中會更頻繁地使用強力招式，並且可能擁有更高的閃避率或特殊能力，挑戰難度較大。
捕捉難度
由於頭目寶可夢的強度較高，捕捉它們需要更高的技巧和策略，通常需要消耗更多的精靈球或使用特定道具。
稀有性與獎勵
頭目寶可夢較為稀有，捕捉後可以獲得更高的經驗值和稀有道具，對玩家來說是非常有價值的目標。
劇情與任務關聯
部分頭目寶可夢與遊戲的主線劇情或支線任務相關，擊敗或捕捉它們是完成某些任務的關鍵。
總的來說，頭目寶可夢是遊戲中更具挑戰性和價值的目標，玩家在面對它們時需要做好充分的準備。