靛藍色寶珠是《寶可夢》系列遊戲中的一個重要道具，首次出現在《寶可夢 紅寶石/藍寶石》及其重製版《寶可夢 歐米茄紅寶石/阿爾法藍寶石》中。它是傳說中的寶可夢「蓋歐卡」的關鍵物品。
在遊戲劇情中，靛藍色寶珠與水之寶可夢蓋歐卡有著密切的聯繫。反派組織「水艦隊」試圖利用靛藍色寶珠的力量喚醒蓋歐卡，以擴大海洋的面積，實現他們的野心。靛藍色寶珠蘊含著強大的水屬性力量，能夠激發蓋歐卡的潛能，使其進入原始回歸狀態，變得更加強大。
除了靛藍色寶珠，遊戲中還有對應的「朱紅色寶珠」，與火之寶可夢固拉多相關。這兩顆寶珠分別代表了海洋與陸地的力量，象徵著自然界的平衡。
靛藍色寶珠不僅是推動劇情發展的重要道具，也體現了《寶可夢》系列中關於自然與人類關係的深刻主題。