日本的稀有寶可夢種類繁多，以下是一些在遊戲中較為稀有或難以捕捉的寶可夢：
夢幻（Mew）：夢幻是最早的幻之寶可夢之一，通常只能通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 紅/綠/藍》中，夢幻甚至沒有正式的捕捉方式，只能通過遊戲漏洞獲得。
時拉比（Celebi）：時拉比是另一隻幻之寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 金/銀/水晶》中，時拉比可以通過特定事件捕捉。
基拉祈（Jirachi）：基拉祈是一隻星形寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 紅寶石/藍寶石》中，基拉祈可以通過與《寶可夢 頻道》聯動獲得。
達克萊伊（Darkrai）：達克萊伊是噩夢寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 鑽石/珍珠》中，達克萊伊可以通過特定事件捕捉。
謝米（Shaymin）：謝米是草系幻之寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 鑽石/珍珠/白金》中，謝米可以通過特定事件捕捉。
阿爾宙斯（Arceus）：阿爾宙斯是創世寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 鑽石/珍珠/白金》中，阿爾宙斯可以通過特定事件捕捉。
美洛耶塔（Meloetta）：美洛耶塔是音樂寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 黑/白》中，美洛耶塔可以通過特定事件捕捉。
蓋諾賽克特（Genesect）：蓋諾賽克特是古代蟲系寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 黑2/白2》中，蓋諾賽克特可以通過特定事件捕捉。
胡帕（Hoopa）：胡帕是幻之寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 歐米伽紅寶石/阿爾法藍寶石》中，胡帕可以通過特定事件捕捉。
瑪機雅娜（Magearna）：瑪機雅娜是機械寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。在《寶可夢 太陽/月亮》中，瑪機雅娜可以通過特定事件捕捉。
這些寶可夢通常只能在特定時間或通過特定方式獲得，因此它們在遊戲中非常稀有。