暗影寶可夢（Shadow Pokémon）是《寶可夢》系列遊戲中的一個特殊概念，最早出現在《寶可夢XD：暗之旋風 黑暗洛奇亞》中。這些寶可夢被邪惡組織「Cipher」通過特殊技術操控，變得更具攻擊性和危險性。玩家需要通過淨化（Purify）來恢復它們的正常狀態。以下是部分暗影寶可夢的列表：
- 暗影洛奇亞 - 遊戲《寶可夢XD：暗之旋風 黑暗洛奇亞》中的封面神獸，被Cipher組織操控。
- 暗影超夢 - 在《寶可夢XD》中作為最終Boss的暗影寶可夢之一。
- 暗影炎帝 - 火屬性的傳說寶可夢，被Cipher組織操控。
- 暗影雷公 - 電屬性的傳說寶可夢，同樣被Cipher組織操控。
- 暗影水君 - 水屬性的傳說寶可夢，也被Cipher組織操控。
- 暗影拉帝亞斯 - 龍/超能力屬性的傳說寶可夢，出現在《寶可夢XD》中。
- 暗影拉帝歐斯 - 龍/超能力屬性的傳說寶可夢，與拉帝亞斯成對出現。
- 暗影急凍鳥 - 冰/飛行屬性的傳說寶可夢，被Cipher組織操控。
- 暗影閃電鳥 - 電/飛行屬性的傳說寶可夢，被Cipher組織操控。
- 暗影火焰鳥 - 火/飛行屬性的傳說寶可夢，被Cipher組織操控。
除了傳說寶可夢，還有許多普通寶可夢也被Cipher組織操控，例如：
- 暗影卡比獸
- 暗影班基拉斯
- 暗影巨金怪
- 暗影暴鯉龍
- 暗影噴火龍
這些暗影寶可夢在遊戲中通常具有更高的攻擊力，但無法學習新技能或進化，直到被淨化後才會恢復正常。淨化過程需要通過特定的方式（如在淨化室中與玩家互動）來完成。
暗影寶可夢的概念在後續的《寶可夢GO》中也有所體現，玩家可以捕捉並淨化暗影寶可夢，使其恢復正常狀態並提升戰鬥力。