暗影寶可夢（Shadow Pokémon）是《寶可夢》系列遊戲中的一個特殊概念，首次出現在《寶可夢XD：暗之旋風 黑暗洛奇亞》中。暗影寶可夢是指被邪惡組織「暗影」（Cipher）通過特殊技術改造的寶可夢，它們被剝奪了情感，變得更具攻擊性。與普通寶可夢不同，暗影寶可夢的技能被替換為「暗影技能」（Shadow Moves），並且需要通過「淨化」來恢復其原本的狀態。
以下是部分已知的暗影寶可夢：
暗影洛奇亞（Shadow Lugia）
這是最著名的暗影寶可夢之一，出現在《寶可夢XD：暗之旋風 黑暗洛奇亞》中。它的外觀與普通洛奇亞不同，全身呈現深紫色，具有極高的攻擊力。
暗影超夢（Shadow Mewtwo）
出現在《寶可夢XD》中，作為暗影組織的終極武器之一。
暗影三神鳥（Shadow Articuno、Shadow Zapdos、Shadow Moltres）
這三隻傳說中的鳥類寶可夢也被暗影組織改造，成為暗影寶可夢。
暗影炎帝（Shadow Entei）
出現在《寶可夢XD》中，作為暗影組織的重要戰力之一。
暗影水君（Shadow Suicune）
同樣出現在《寶可夢XD》中，是暗影組織的核心寶可夢之一。
暗影雷公（Shadow Raikou）
也是暗影組織改造的傳說寶可夢之一。
暗影其他普通寶可夢
除了傳說寶可夢，暗影組織還改造了許多普通寶可夢，例如暗影卡比獸、暗影暴鯉龍等。
在遊戲中，玩家需要通過「淨化室」來淨化暗影寶可夢，使其恢復情感並回歸正常狀態。淨化後的寶可夢會變得更加強大，並且能夠學習正常的技能。
暗影寶可夢的設定為《寶可夢》系列增添了獨特的劇情深度和挑戰性，成為許多玩家喜愛的經典元素之一。