在《寶可夢》系列遊戲中，最稀有的寶可夢因版本和獲取方式的不同而有所差異。以下是一些被認為非常稀有或難以獲得的寶可夢：
夢幻（Mew）
夢幻是第一世代中最稀有的寶可夢之一，最初只能通過特殊活動或漏洞獲取。它的稀有性和神秘性使其成為許多玩家夢寐以求的寶可夢。
時拉比（Celebi）
時拉比是第二世代的幻之寶可夢，通常需要通過特殊活動或配信獲得。它的時間旅行能力使其在劇情中顯得格外神秘。
基拉祈（Jirachi）
基拉祈是第三世代的幻之寶可夢，通常通過任天堂官方活動或特定遊戲（如《寶可夢 寶石版》與《寶可夢頻道》聯動）獲得。
阿爾宙斯（Arceus）
阿爾宙斯被稱為「創世神」，是第四世代的幻之寶可夢。它通常需要通過官方活動或《寶可夢傳說 阿爾宙斯》等特定遊戲獲得。
美洛耶塔（Meloetta）
美洛耶塔是第五世代的幻之寶可夢，擁有獨特的形態變化能力。它的獲取方式通常限於官方活動。
瑪機雅娜（Magearna）
瑪機雅娜是第七世代的幻之寶可夢，通常通過掃描QR碼或特殊活動獲得。
澤爾尼亞斯（Zeraora）
澤爾尼亞斯是第七世代的幻之寶可夢，通常通過官方活動或《寶可夢 劍/盾》的特定任務獲得。
閃光寶可夢（Shiny Pokémon）
閃光寶可夢的顏色與普通寶可夢不同，出現機率極低（通常為1/4096）。某些特定閃光的寶可夢（如閃光傳說寶可夢）更是稀有中的稀有。
配信限定寶可夢
許多寶可夢只能通過官方活動、配信或特定遊戲版本獲得，例如阿羅拉形態的寶可夢、伽勒爾形態的寶可夢等。
這些寶可夢因其獲取難度和稀有性，成為許多玩家收藏和追求的目標。