在《寶可夢 朱／紫》中，最強的寶可夢因個人玩法和策略而異，但以下幾隻寶可夢因其強大的能力和實用性而被廣泛認為是遊戲中的頂級選擇：
故勒頓（朱版）／密勒頓（紫版）
作為朱版和紫版的神獸，故勒頓和密勒頓擁有極高的種族值和獨特的特性「緋紅脈衝／強子引擎」，能夠在戰鬥中大幅提升自身或隊友的能力。它們的屬性組合和招式池也使其在對戰中極具威脅。
鐵武者
鐵武者是悖謬寶可夢之一，擁有高速和高攻擊力，其特性「夸克充能」在電氣場地或攜帶驅勁能量時能提升其最強能力。搭配優秀的招式池，鐵武者在對戰中表現出色。
賽富豪
賽富豪是《朱／紫》的新寶可夢，擁有獨特的幽靈／鋼屬性組合，使其對多種屬性有抗性。其特性「黃金之軀」能免疫狀態變化，加上高特攻和防禦能力，使其成為對戰中的強力選擇。
古劍豹
作為古代悖謬寶可夢，古劍豹擁有高攻擊力和速度，其特性「古代活性」在特定條件下能提升其能力。搭配冰屬性的強大招式，古劍豹在對戰中能迅速擊敗對手。
振翼髮
振翼髮是夢妖的古代悖謬形態，擁有高特攻和速度，特性「古代活性」能進一步提升其能力。其幽靈／妖精屬性組合也讓它在對戰中具有優勢。
這些寶可夢在單機劇情、對戰塔或線上對戰中都有出色的表現，但最強寶可夢的選擇仍需根據玩家的戰術和隊伍配置來決定。