水系寶可夢的剋星主要是草系和電系寶可夢。
草系寶可夢：草系技能對水系寶可夢有雙倍傷害，因為水會被植物吸收或蒸發，因此在戰鬥中草系寶可夢能夠有效地克制水系寶可夢。例如，妙蛙花、大食花等草系寶可夢在對戰水系寶可夢時表現優異。
電系寶可夢：電系技能同樣對水系寶可夢有雙倍傷害，因為水是電的良導體，電擊能夠通過水體迅速傳播並造成更大的傷害。因此，像雷丘、電擊獸等電系寶可夢也是水系寶可夢的剋星。
此外，某些具有特殊能力或技能的寶可夢也可能對水系寶可夢構成威脅，但總體來說，草系和電系是最常見且有效的剋星。