水系寶可夢在戰鬥中主要受到電系和草系技能的克制。電系技能對水系寶可夢能造成雙倍傷害，因為水能導電。草系技能同樣對水系寶可夢有效，因為植物能夠吸收水分，從而對水系寶可夢造成更大的傷害。因此，在對戰中使用電系或草系寶可夢對抗水系寶可夢是一個常見的策略。