玄空飛星風水是風水學中的一種重要理論，主要依據九宮飛星的變化來推斷吉凶。然而，這一理論在實際套用中存在一些缺陷和局限性，以下是幾個主要問題：
玄空飛星風水涉及九宮飛星的飛布、三元九運、山向星盤等複雜內容，初學者往往難以理解其核心原理。即便是有經驗的風水師，也可能因對飛星變化的解讀不同而產生分歧。
玄空飛星風水強調時間對風水的影響，認為吉凶會隨著時間（如三元九運）的變化而變化。然而，這種依賴時間的方式可能導致風水布局的頻繁調整，甚至出現前後矛盾的情況，缺乏穩定性。
玄空飛星風水過於注重飛星的吉凶組合，而忽略了人與環境的整體關係。例如，房屋的朝向、周圍的地形、建築格局等實際因素可能被忽視，導致風水布局脫離現實。
玄空飛星風水的吉凶判斷多依賴於風水師的主觀解讀，缺乏統一的標準和科學依據。不同風水師對同一飛星組合的解讀可能截然不同，容易引發爭議。
玄空飛星風水將吉凶歸結于飛星的組合（如雙星到向、雙星到坐等），但這種簡化可能導致對風水問題的片面理解。例如，即使飛星組合吉利，若房屋本身結構或環境不佳，仍可能帶來不利影響。
玄空飛星風水起源於古代，其理論主要適用於傳統的建築格局。然而，現代建築多為高樓大廈、公寓等，其結構和環境與傳統建築差異較大，玄空飛星風水的理論在套用中可能顯得不夠靈活。
玄空飛星風水主要關注房屋的風水布局，而對居住者的個人命理（如八字、五行等）考慮較少。不同命理的人對同一風水布局的反應可能不同，忽視這一點可能導致風水效果不佳。
玄空飛星風水作為一種古老的風水理論，具有一定的參考價值，但其複雜性和局限性也不容忽視。在實際套用中，應結合其他風水理論（如形勢派風水）以及現代環境科學，避免片面依賴飛星組合，同時注重人與環境的整體協調。