第三代寶可夢（即《寶可夢 紅寶石/藍寶石/綠寶石》中的寶可夢）中，有許多強大的寶可夢，但「最強」這一稱號往往取決於具體的對戰環境和策略。以下是一些在第三代中表現尤為突出的寶可夢：
烈空坐（Rayquaza）
烈空坐是第三代的傳說寶可夢，擁有極高的種族值和強大的攻擊能力。它的龍/飛行屬性組合使其在對戰中具有極強的破壞力，尤其是在使用「畫龍點睛」等強力招式時。
蓋歐卡（Kyogre）
蓋歐卡是水屬性的傳說寶可夢，其特性「降雨」可以改變天氣為雨天，大幅提升水系招式的威力。這使得蓋歐卡在雨天隊中成為核心力量，尤其是在使用「衝浪」或「水炮」時。
固拉多（Groudon）
固拉多是地面屬性的傳說寶可夢，其特性「日照」可以將天氣變為晴天，增強火系招式的威力。固拉多在晴天隊中表現出色，尤其是在使用「地震」或「噴火」時。
巨金怪（Metagross）
巨金怪是鋼/超能力屬性的寶可夢，擁有極高的防禦和攻擊能力。其特性「淨體」可以防止能力被降低，使其在對戰中更加穩定。巨金怪的「流星拳」和「地震」等招式使其成為強大的物理攻擊手。
暴飛龍（Salamence）
暴飛龍是龍/飛行屬性的寶可夢，擁有極高的速度和攻擊力。其特性「威嚇」可以降低對手的攻擊力，使其在對戰中更具優勢。暴飛龍的「龍爪」和「火焰噴射」等招式使其成為強大的混合攻擊手。
巨沼怪（Swampert）
巨沼怪是水/地面屬性的寶可夢，擁有良好的防禦和攻擊能力。其特性「激流」可以在HP較低時提升水系招式的威力，使其在關鍵時刻更具威脅。巨沼怪的「地震」和「衝浪」等招式使其在對戰中表現出色。
這些寶可夢在第三代中因其強大的種族值、優秀的屬性和招式組合而備受青睞。然而，寶可夢對戰的勝負往往取決於訓練師的策略和團隊搭配，因此「最強」這一稱號並不是絕對的。