第三代寶可夢（即《寶可夢 紅寶石·藍寶石》及其重製版《寶可夢 歐米伽紅寶石·阿爾法藍寶石》）中的神獸包括以下幾隻：
蓋歐卡（Kyogre）
蓋歐卡是海洋的守護神，擁有控制海洋的力量。它是水屬性的傳說寶可夢，能夠引發暴雨和洪水。蓋歐卡是紅寶石版的主要神獸。
固拉多（Groudon）
固拉多是陸地的守護神，擁有控制大地的力量。它是地面屬性的傳說寶可夢，能夠引發乾旱和火山噴發。固拉多是藍寶石版的主要神獸。
烈空坐（Rayquaza）
烈空坐是天空的守護神，擁有控制天氣的力量。它是龍屬性和飛行屬性的傳說寶可夢，能夠平息蓋歐卡和固拉多之間的爭鬥。烈空坐在《寶可夢 綠寶石》中扮演了重要角色。
拉帝亞斯（Latias）
拉帝亞斯是龍屬性和超能力屬性的傳說寶可夢，外形像一隻紅色的龍。它擁有高速飛行和心靈感應的能力。
拉帝歐斯（Latios）
拉帝歐斯是龍屬性和超能力屬性的傳說寶可夢，外形像一隻藍色的龍。它與拉帝亞斯是兄妹關係，同樣擁有高速飛行和心靈感應的能力。
基拉祈（Jirachi）
基拉祈是鋼屬性和超能力屬性的幻之寶可夢，外形像一顆星星。傳說它每千年醒來一次，能夠實現人們的願望。
代歐奇希斯（Deoxys）
代歐奇希斯是超能力屬性的幻之寶可夢，外形像外星生物。它擁有四種不同的形態（普通形態、攻擊形態、防禦形態和速度形態），每種形態的能力側重不同。
這些神獸在遊戲中扮演了重要角色，並且在後來的系列作品中也多次出現，成為寶可夢世界中不可或缺的一部分。