第二代寶可夢圖鑑（Pokédex）首次出現在《寶可夢 金·銀》及其重製版《寶可夢 心金·魂銀》中。這一代的圖鑑包含了251種寶可夢，相較於第一代的151種有了顯著的增加。以下是第二代寶可夢圖鑑的一些特點：
新增寶可夢：第二代引入了100種全新的寶可夢，包括初始寶可夢菊草葉、火球鼠和小鋸鱷，以及傳說中的寶可夢如鳳王和洛奇亞。
圖鑑功能升級：第二代圖鑑在功能上有所改進，玩家可以通過圖鑑查看寶可夢的棲息地、進化鏈以及詳細的描述信息。
區域劃分：圖鑑將寶可夢分為不同的區域，如城都地區和關都地區，方便玩家根據地理位置查找寶可夢。
新增屬性：第二代引入了「暗」和「鋼」兩種新屬性，豐富了寶可夢的戰鬥策略。
寶可夢性別：這一代首次引入了寶可夢的性別概念，部分寶可夢有雌雄之分，影響了孵蛋和某些技能的發揮。
寶可夢蛋：第二代引入了寶可夢蛋系統，玩家可以通過孵蛋獲得新的寶可夢。
時間系統：遊戲內加入了時間系統，某些寶可夢只在特定的時間段出現，增加了收集的挑戰性。
圖鑑完成獎勵：完成圖鑑後，玩家可以獲得獎勵，如特殊的道具或稱號。
第二代寶可夢圖鑑不僅增加了寶可夢的種類，還引入了許多新的遊戲機制，極大地豐富了遊戲的玩法和深度。這一代的圖鑑設計也為後續的寶可夢系列奠定了基礎。