第二代寶可夢巢穴是指在《寶可夢》系列遊戲中，玩家可以捕捉到第二代寶可夢（即金、銀、水晶版中引入的寶可夢）的地點。這些巢穴通常分布在遊戲世界的不同區域，玩家可以通過探索這些地點來捕捉特定的寶可夢。
在《寶可夢金、銀、水晶》中，巢穴的分布與第一代遊戲（紅、綠、藍、黃）有所不同。以下是一些常見的第二代寶可夢巢穴及其對應的寶可夢：
自然公園：這裡是捕捉蟲系和草系寶可夢的好地方，如巴大蝴、飛天螳螂和美麗花等。
黑暗洞穴：在這個洞穴中，玩家可以遇到如鬼斯通、大岩蛇和超音蝠等寶可夢。
漩渦島：位於城都地區的漩渦島是捕捉水系寶可夢的絕佳地點，如暴鯉龍、海星星和墨海馬等。
白銀山：這是遊戲中的一個重要地點，玩家可以在這裡捕捉到一些稀有的寶可夢，如班基拉斯、化石翼龍和乘龍等。
鈴鐺塔：位於圓朱市的鈴鐺塔是捕捉幽靈系寶可夢的地方，如鬼斯、夢妖和耿鬼等。
憤怒之湖：這個湖泊是捕捉水系和龍系寶可夢的好地方，如暴鯉龍、迷你龍和哈克龍等。
冰之洞窟：位於城都地區的冰之洞窟是捕捉冰系寶可夢的地點，如迷唇姐、長毛豬和冰鬼護等。
龍之穴：這是捕捉龍系寶可夢的地方，如迷你龍、哈克龍和快龍等。
這些巢穴為玩家提供了豐富的捕捉體驗，使得遊戲更加多樣化和有趣。玩家可以通過探索這些地點，捕捉到自己喜歡的寶可夢，並組建強大的隊伍。