第二代寶可夢，即《寶可夢金·銀》及《寶可夢水晶版》中引入的寶可夢，涵蓋了100種新的寶可夢，從編號152的菊草葉到編號251的時拉比。在這些寶可夢中，有一些因其特殊的獲取方式或低出現率而被認為是稀有的。
時拉比（Celebi）：編號251，是第二代的幻之寶可夢。在原始遊戲中，時拉比只能通過特殊事件獲得，因此極為稀有。
鳳凰（Ho-Oh）和洛奇亞（Lugia）：這兩隻傳說的寶可夢分別出現在《寶可夢金》和《寶可夢銀》中，玩家需要在遊戲後期才能遇到它們，且捕獲難度較高。
拉帝亞斯（Latias）和拉帝歐斯（Latios）：雖然在第二代遊戲中原生出現，但在後續的遊戲中，這兩隻寶可夢的稀有度和重要性得到了提升。
未知圖騰（Unown）：這種寶可夢有28種不同的形態（26個字母加上問號和感嘆號），玩家需要在特定的遺蹟中探索才能遇到，且每種形態的出現率不同。
幼基拉斯（Larvitar）及其進化型：在《寶可夢銀》中，幼基拉斯只能在特定的山洞中找到，且出現率較低。
赫拉克羅斯（Heracross）：這種寶可夢只能在特定的樹上通過搖樹的方式遇到，且出現率不高。
這些寶可夢因其獨特的獲取方式和較低的捕獲率，在第二代寶可夢中被認為是稀有的。隨著系列的發展，有些寶可夢的稀有度可能有所變化，但在第二代遊戲中，它們確實是玩家們追逐的目標。