超能系寶可夢通常被蟲系、幽靈系和惡系技能所克制。具體原因如下：
蟲系：蟲系技能對超能系寶可夢有2倍傷害。這是因為在寶可夢的屬性相剋體系中，蟲系技能對超能系有天然的優勢。
幽靈系：幽靈系技能同樣對超能系寶可夢有2倍傷害。幽靈系與超能系之間存在屬性相剋關係，幽靈系技能能夠有效打擊超能系寶可夢。
惡系：惡系技能對超能系寶可夢也有2倍傷害。惡系技能不僅能克制超能系，還能免疫超能系技能的攻擊，因此惡系寶可夢在對抗超能系時具有明顯優勢。
此外，超能系寶可夢對格鬥系和毒系技能有抗性，但對蟲系、幽靈系和惡系技能則較為脆弱。在戰鬥中，選擇合適的克制屬性可以有效應對超能系寶可夢。