在《寶可夢傳說 阿爾宙斯》這款遊戲中，有許多稀有且強大的寶可夢，以下是一些特別值得注意的稀有寶可夢：
阿爾宙斯
阿爾宙斯是遊戲中的傳說寶可夢，被稱為「創世神」。它是遊戲的核心角色之一，擁有獨特的多屬性變化能力，能夠根據持有的石板改變屬性。阿爾宙斯在劇情中扮演重要角色，並且是遊戲中最難捕獲的寶可夢之一。
騎拉帝納
騎拉帝納是另一隻傳說寶可夢，擁有兩種形態：起源形態和別種形態。在遊戲中，玩家可以在特定任務中遇到並捕獲騎拉帝納，它的實力強大且外觀獨特。
克雷色利亞
克雷色利亞是一隻傳說寶可夢，被稱為「新月寶可夢」。它擁有超能力屬性，能夠釋放強大的精神力量。在遊戲中，克雷色利亞會在特定的夜晚出現，玩家需要完成任務才能捕獲它。
謝米
謝米是一隻幻之寶可夢，擁有兩種形態：陸上形態和天空形態。在遊戲中，謝米的出現條件較為特殊，通常需要完成特定任務或活動才能遇到。
達克萊伊
達克萊伊是一隻幻之寶可夢，被稱為「噩夢神」。它擁有惡屬性，能夠讓對手陷入噩夢狀態。在遊戲中，達克萊伊的出現條件較為隱蔽，需要玩家探索特定區域並完成任務。
花岩怪
花岩怪是一隻幽靈/惡屬性的寶可夢，以其獨特的外觀和強大的能力著稱。在遊戲中，花岩怪的出現條件較為複雜，需要玩家完成一系列任務才能解鎖。
未知圖騰
未知圖騰是一種神秘且稀有的寶可夢，擁有28種不同的形態（對應26個英文字母和2種符號）。在遊戲中，未知圖騰的出現地點分散且隱蔽，收集所有形態是一項具有挑戰性的任務。
這些稀有寶可夢不僅在遊戲中具有極高的收藏價值，還擁有強大的戰鬥能力，是玩家在冒險中不可或缺的夥伴。