飛行系寶可夢在戰鬥中雖然具有速度優勢，但也有一些明顯的弱點。以下是飛行系寶可夢的主要剋星：
電系寶可夢
電系招式對飛行系寶可夢有雙倍傷害，因為飛行系對電系招式沒有抗性。常見的電系寶可夢如皮卡丘、雷丘、閃電鳥等，都能對飛行系寶可夢造成致命打擊。
岩石系寶可夢
岩石系招式對飛行系寶可夢同樣有雙倍傷害。岩石系寶可夢如隆隆岩、化石翼龍等，可以有效克制飛行系寶可夢。
冰系寶可夢
冰系招式對飛行系寶可夢也有雙倍傷害。冰系寶可夢如冰鬼護、急凍鳥等，可以在戰鬥中壓制飛行系寶可夢。
鋼系寶可夢
鋼系寶可夢雖然不直接克制飛行系，但它們通常擁有高防禦和抗性，能夠抵擋飛行系招式的攻擊，並通過其他招式反擊。
特殊招式
一些非屬性克制的寶可夢可以通過學習特定招式（如岩石系或電系招式）來對抗飛行系寶可夢。例如，水系寶可夢學習雷電招式後，也能對飛行系寶可夢造成威脅。
綜上所述，電系、岩石系和冰系寶可夢是飛行系寶可夢的主要剋星。在戰鬥中，合理利用這些屬性優勢，可以有效應對飛行系寶可夢的威脅。