飛行屬性寶可夢的剋星主要包括以下幾種屬性：
電屬性：電屬性招式對飛行屬性寶可夢有雙倍傷害，因為飛行屬性對電屬性的抗性較弱。例如，皮卡丘的「十萬伏特」對飛行屬性寶可夢非常有效。
冰屬性：冰屬性招式同樣對飛行屬性寶可夢造成雙倍傷害。例如，冰伊布的「冰凍光束」可以迅速擊敗飛行屬性寶可夢。
岩石屬性：岩石屬性招式對飛行屬性寶可夢有雙倍傷害，且飛行屬性寶可夢通常對岩石屬性的防禦較弱。例如，隆隆岩的「岩石爆擊」對飛行屬性寶可夢非常有效。
鋼屬性：雖然鋼屬性本身並不克制飛行屬性，但鋼屬性寶可夢通常具有較高的防禦力，可以有效抵禦飛行屬性的攻擊。
龍屬性：龍屬性招式對飛行屬性寶可夢也有一定的克制效果，尤其是像快龍這樣的飛行/龍雙屬性寶可夢。
在實戰中，選擇以上屬性的寶可夢和招式可以有效地對抗飛行屬性寶可夢，尤其是在對手的飛行屬性寶可夢沒有其他抗性屬性的情況下。