飛行系寶可夢的剋星主要取決於其弱點屬性。飛行系寶可夢通常對電系、冰系和岩石系的攻擊較為脆弱。因此，使用這些屬性的寶可夢可以有效地對抗飛行系寶可夢。例如，電系寶可夢如雷丘或電龍可以利用電系技能對飛行系寶可夢造成高額傷害。同樣，冰系寶可夢如冰鬼護或急凍鳥的冰系技能也能有效打擊飛行系寶可夢。此外，岩石系寶可夢如隆隆岩或岩殿居蟹的岩石系技能也是對抗飛行系寶可夢的強力選擇。