飛行系寶可夢的主要弱點是電系、冰系和岩石系的招式。電系招式對飛行系寶可夢能造成雙倍傷害，因為飛行系寶可夢通常在空中活動，容易被電系攻擊命中。冰系招式同樣對飛行系寶可夢效果顯著，因為許多飛行系寶可夢同時具有飛行和普通屬性，而冰系對普通屬性也有克製作用。岩石系招式對飛行系寶可夢的傷害也非常高，因為岩石系能有效地打擊飛行系寶可夢的弱點。
此外，飛行系寶可夢對草系、格鬥系和蟲系的招式有抗性，這些屬性的招式對飛行系寶可夢的傷害會減半。飛行系寶可夢對地面系招式完全免疫，因為地面系招式無法命中飛行中的寶可夢。
總的來說，飛行系寶可夢在面對電系、冰系和岩石系招式時需要特別小心，而在面對草系、格鬥系、蟲系和地面系招式時則相對安全。