高雄醫學大學心理學系設有心理諮商研究所，提供碩士學位課程。該研究所旨在培養具備專業心理諮商能力的學生，並提供深入的理論知識與實務訓練。課程內容涵蓋心理學基礎理論、心理諮商技巧、心理測驗與評估、以及心理健康相關議題等。學生在完成課程後，將具備進行心理諮商、心理治療及相關研究的能力，並可在醫療機構、學校、社區中心等場所從事心理諮商工作。
此外，高醫心理諮商研究所也注重研究能力的培養，鼓勵學生參與學術研究，並提供相關資源與指導，以提升學生的研究能力與學術水平。畢業生不僅可以在實務領域發揮所長，也能繼續攻讀博士學位，進一步深造。
總體而言，高雄醫學大學心理諮商研究所是一個結合理論與實務的專業學術機構，為有志於從事心理諮商工作的學生提供良好的學習環境與發展機會。