《寶可夢 紅寶石／藍寶石》是寶可夢系列的第三世代作品，相比前作《寶可夢 金／銀／水晶》和《寶可夢 紅／綠／藍》，在玩法與系統上有許多創新與改進。以下是主要的不同之處：
1. 新增雙打對戰
- 本作首次引入了雙打對戰系統，玩家可以同時派出兩隻寶可夢進行戰鬥，對手也能派出兩隻寶可夢。這使得戰鬥策略更加豐富，例如需要考慮招式範圍、屬性搭配等。
2. 天氣系統
- 遊戲中加入了天氣效果，如晴天、雨天、沙暴等，這些天氣會影響寶可夢的能力與招式效果，進一步提升了戰鬥的深度。
3. 特性系統
- 每隻寶可夢都擁有獨特的「特性」，這些特性會在戰鬥中自動觸發，例如增加特定屬性的威力、免疫某些狀態等。特性系統讓寶可夢的個性化更加突出。
4. 寶可夢的性別與個體值
- 本作首次引入了寶可夢的性別系統，部分寶可夢的性別會影響其外觀或進化方式。此外，個體值（IV）系統也更加完善，影響寶可夢的成長潛力。
5. 新地區與劇情
- 遊戲舞台移至豐緣地區（Hoenn），擁有全新的地圖與劇情。豐緣地區以海洋與陸地的平衡為主題，玩家需要面對兩大邪惡組織「熔岩隊」和「海洋隊」的威脅。
6. 寶可夢華麗大賽
- 新增了寶可夢華麗大賽，玩家可以訓練寶可夢的「帥氣度」、「美麗度」等能力，並與其他訓練家比拼表演。這是一個與戰鬥完全不同的玩法。
7. 秘密基地
- 玩家可以在遊戲中建立自己的秘密基地，並用各種裝飾品進行佈置。秘密基地可以與其他玩家分享，增加了互動性。
8. 寶可夢的親密度與進化
- 部分寶可夢的進化方式改為依賴親密度，玩家需要通過與寶可夢互動來提升親密度，例如攜帶同行、使用道具等。
9. 新增寶可夢與進化方式
- 本作新增了135種全新的寶可夢，同時引入了新的進化方式，例如使用特定道具進化（如「覺醒石」）或特定時間進化（如夜間進化）。
10. 圖形與音樂升級
- 由於硬體升級，遊戲的畫面與音樂表現力大幅提升，地圖更加立體，寶可夢的動作也更加生動。
11. 通訊對戰與交換
- 本作支持通過Game Boy Advance的連接線進行寶可夢交換與對戰，並且新增了「混合紀錄」功能，讓玩家可以與朋友分享遊戲進度。
總體來說，《寶可夢 紅寶石／藍寶石》在玩法、系統與劇情上都進行了大幅革新，為系列注入了新的活力，並奠定了後續作品的基礎。