在《精靈寶可夢 太陽／月亮》及其續作《精靈寶可夢 究極之日／究極之月》中，主要的反派組織是「以太基金會」和「骷髏隊」。這兩個組織的角色和動機在遊戲中起到了重要作用。
以太基金會
以太基金會表面上是一個致力於保護寶可夢的組織，由露莎米奈領導。然而，隨著劇情的發展，玩家會發現露莎米奈的真實目的是利用傳說中的寶可夢「奈克洛茲瑪」的力量，打開通往異世界「究極空間」的通道。她的行為逐漸變得極端，甚至不惜犧牲他人和寶可夢來達成自己的目標。
骷髏隊
骷髏隊是一個由古茲馬領導的街頭混混組織，他們的行為主要是搗亂和製造痲煩。雖然骷髏隊的威脅性不如以太基金會，但他們經常干擾主角的冒險，並在劇情中扮演了重要的反派角色。古茲馬本人對阿羅拉地區的島嶼之王制度感到不滿，並試圖通過自己的方式證明自己的實力。
這兩個組織在遊戲中交織在一起，共同推動了劇情的發展。玩家需要通過擊敗他們來阻止他們的計畫，並最終拯救阿羅拉地區。