朱姓起源主要有五大支系：朱襄氏之裔、曹姓、狸姓、子姓和外族的改姓。第一支出自朱襄氏。朱襄氏族是以蜘蛛為圖騰，亦有認為是以赤心木(一種樹心為紅色的樹)為圖騰，活動於河南淮陽一帶的部落，其後有朱姓，有5000多年的歷史。朱姓的第一個名人是舜臣朱虎。朱虎氏族或為朱襄氏的後裔，朱虎的子孫表現不俗，西周的名隱士朱張，戰國時齊人朱毛，魏國大力士朱亥，西漢中邑侯朱進等名人均稱是朱虎的後代。在先秦時一直活躍在冀魯豫地區。
第二支出自曹姓。黃帝之裔高陽氏顓頊之後，祝融氏吳回之子陸終的第五子安，曹姓。曹部落以棗為圖騰，始居於陝西周至，後東遷河南靈寶東的曹陽，舜、夏至商初，曹人一直居於曹陽。商朝初再東遷河南滑縣東的漕邑，殷商初，曹人被迫東遷於山東定陶。曹部落中有一支朱氏族，居住在曹陽之西南的朱陽，朱人隨曹人而遷移，商朝時遷移到河南淮陽原朱襄氏居住過的地方，春秋時為陳國的株邑。西周初，周武王封女婿媯滿於陳，奪株邑併入陳國，並封曹姓朱人的後裔曹挾於邾，今山東曲阜東南南陬村，建立邾國，為魯國附庸。公元前614年遷到繹，今山東鄒城東南紀王城，一部分邾人南遷朱方，今江蘇丹徒東南。戰國中葉，楚宜王滅邾國，並遷邾人於楚的邾地，今湖北黃岡西北。邾人遂以邾為氏，繼而去邑為朱姓。曹姓朱氏是朱姓中最主要的成分。在先秦時期，曹姓朱氏一直活動於豫魯蘇鄂地區，曹姓朱氏的歷史也有2400年。漢朝時沛國(今江蘇徐州)成為朱姓最重要的繁衍中心和發祥地。
第三支系出自狸姓。帝堯之子丹朱之後，以名為氏。因丹朱封在丹水流域，在今河南淅水地區，古號丹朱。舜封丹朱為房邑侯，故稱房侯，別為狸姓。丹朱部落被舜打敗後，族人四散居於河南、河北、山東、湖北、湖南等地，其中一支以丹朱的名為氏。隋唐時期，其後代在沛國相縣發展為望族。狸姓朱氏的歷史也有4000年之久。
第四支源自子姓。周成王封商紂王之庶兄微子啟於宋，以奉商祀。戰國後期公元前286年，齊國滅宋。居於江蘇碭山的宋微子之裔公子朱的後代以先祖名為姓。秦漢之際徙於河南南陽，東漢時已發展成朱姓大族，直到唐宋時期，南陽朱姓仍是朱姓中的著名望族。子姓朱氏的歷史有2300年。
第五支系外族和其他姓氏的改姓。從三國以來，重要的由其他姓氏改姓朱的有胡、康、李、范、舒、施等姓，尤其明朝帝王的賜國姓朱，其人數之多、數目之大，是歷史上罕見的。魏晉隋唐時，北方戰亂和民眾大遷移，中原百姓中融入了大量外族的血液，朱姓中也流入外族人的基因。最主要的有：西漢的南越族的朱氏，北魏時鮮卑族慕容部的可朱渾氏族，宋朝金國的女真人兀顏氏族，清朝滿洲八旗的烏蘇氏、朱佳氏、珠錫哩氏等氏族的集體改姓朱。這些外族與漢族長期混居後最終同化為漢族。