沈氏有南北二望族之稱。既發祥於河南，稱為周系;另一發祥於南京吳興，稱漢系。
東漢以前，沈姓主要播衍地河南、安徽兩省。沈姓起源於今河南、安徽兩省之間。春秋時，沈國被蔡國滅掉後，沈氏後裔沈尹戌逃奔楚國，隱居於零山，後仕楚為左司馬。尹戌之子沈諸梁，世襲作司馬，食采於葉(今河南葉縣)。秦時，子逞之子沈平封竹邑(今安徽符離集)侯。沈平之子沈遵徙居九江壽春(今安徽壽縣)。
東漢順帝時(126-144年)，沈氏後裔沈榮昌南遷，移居蘇州，此為沈姓南遷之始。因此，沈榮昌被尊為沈氏漢系宜興始祖。該族系在蘇州傳了11代後，又徙居會稽烏程吳興(今浙江吳興縣)。魏晉南北朝時，沈姓大舉南遷，至唐代，已播衍江蘇、浙江、江西、湖北、湖南、四川等地。
唐總章二年(669年)，福建泉潮地區部分土著首領聚眾叛亂。唐高宗詔令河南光州陳政為嶺南行軍總管，率府兵3600名、將士自副將許天正以下123員，前往福建平亂。中原沈姓將佐隨從陳政、陳元光父子入閩。他們後來在福建安家落戶，其子孫散居龍溪、漳浦、南靖、長泰、(詔安)(本人的出生地)等地，唐末，王潮、王審知兄弟入閩，又有中原沈姓族人隨同前往。
南宋紹興年間(1131-1162年)，漢系宜興始祖沈榮昌(周系六十七世，又是漢系一世)的裔孫沈啟承出任福建汀州府知府。沈啟承子沈廷輔(太一郎)隨父入閩，留居汀州府城。沈廷輔任山西巡按、諫議大夫，後遷居福建省建陽縣。沈廷輔生八子，分居建陽、寧化;其後裔散居龍巖、長汀、清流、寧化，延平(南平)、連城、上杭古田。五世孫沈熾(千十七郎)生七子，遷居永定及廣東梅州、大埔。明初，沈那仔為廣州右衛中朗，後遷居興寧。入粵世系有“三善堂”、“四聲堂”。福建上杭、清流、連城沈姓也是出於吳興一支。據《吳興沈氏五修族譜》載：“先世居福建上杭沈家坊。”《連城吳興沈氏族譜》載：“宋末湖州吳興沈氏隱居福建清流豐山，復遷連城。”
明崇禎年間(1628-1644年)，沈仲仁、沈道仁因避亂遷居江西寧都。明末，沈斯庵徙居今台南縣善化鎮，為沈姓移居台灣之始。
清順治八年(1651年)，沈光文到台灣開設學堂，辦診所，廣泛傳播中華傳統文化，他去世後，台灣百姓為他建廟立像，並譽之為“台灣文獻初祖”。清乾隆、嘉慶年間，福建漳州、泉州及廣東沈氏，又有多支遷往台灣，進而又移居海外。清代沈鴻儒遷台灣教授，後代留居台灣。清乾隆十八年(1753年)，漳州所屬(詔安)三都西坑鄉望族沈宣義的第22代孫沈參遷居台南縣新營鎮。台灣新營的沈姓至今已有170多年的歷史，現在沈姓人口達三千多人，成為當地的望族。