余姓起源有三：
1 、據《風俗通》載，余姓為“由余之後，世居歙州，為新安大族，望出下邳、吳興”。春秋時，秦國有個臣醫叫由余，他的祖先是晉人，避亂於西戎。由余本來在西戎為官，後奉命出使秦國，見秦穆公賢德大度，就留在秦國為臣。他為穆公謀劃征伐西戎，使秦國成為西方霸主。他的後代子孫以其名字為姓，有的姓由，有的姓余， 同出一宗。
2、 出自赤狄族，為隗姓之後。據《國語》載，“潞、洛、泉、余、滿五姓，皆赤狄隗姓。”
3、 系鐵木複姓所改，為元太祖成吉思汗(鐵木真)的後代，出自鐵穆氏宰相之家。相傳鐵穆宰相乃是忠臣，太祖聽信讒言，要捉拿鐵穆宰相的五個兒子。五子星夜出城，逃至貴州，見太祖親領追兵前來，就躲在鳳錦橋下。追兵到來時，有人見橋下水波動盪，提出可疑，太祖未加細查，隨口說：“江中有水，水中有魚，何必大驚小怪，快快繼續向前追趕。”鐵穆氏五兄弟逃脫後，原想改鐵穆氏為金氏，最後決定改為余氏。“余”比金字少一橫，又是“水中有魚”的魚字的諧音，堪稱一字雙關。