從孔子至今，2500多年過去了，孔姓宗族又傳承了80多代，孔子之後的數代，多次出現單傳情形，人口增長緩慢，到唐朝末年的四十二代孔光嗣時期，在曲阜的孔族後裔尚不足10戶，外遷的數量極少。五代後梁時期，經歷過“孔末亂孔”的劫難，族人存世更少。到宋代以後，族裔繁衍大幅度增長，到清朝末年，僅四十三代孔仁玉這一支的後裔在曲阜即達數萬人;與此同時，隨著社會政治、經濟活動的發展，外遷人口也得到極大增多。
西漢時期，孔子九代孫孔騰回到家鄉曲阜，正是漢高祖登基未久。漢高祖接受文臣建議，封孔騰為奉祀君，奉祀孔子。到漢元帝綏和元年(公元前43年)，孔子十三代孫孔霸被封為褒成君。此後直至唐玄宗開元年間，孔氏裔孫多數得以襲封侯的爵位，就連庶裔中學有成就的也較易於得到朝廷的重用。這樣，孔氏便逐漸發展成為一個顯赫的家族。隨著生存條件的大大改善，家族支派也得到更多的繁衍生息的機會。此間一個較明顯的現象就是，越來越多的族裔由山東遷到河南及其他許多省份，遷移的主要原因是出任官職，其次是躲避較劇烈的社會動盪等。
東漢時期外遷的孔氏族人中，最有影響的當屬會稽這一支。孔子二十一代孫孔郁，出任冀州刺史。其子孔揚受封下博亭侯，孔揚的後代從此主要世居下博(今河北省深縣東南)。孔郁的另一子孔潛先是任太子少傅一職，後因避亂而遷居會稽山陰(今浙江省紹興)，不久發展為當地的望族，成為孔氏宗族中有名的“會稽孔”。在孔潛的後人中，其子孔竺在三國時任豫章太守(治所在今江西省南昌)，其孫孔恬為湘東太守，曾孫孔愉在西晉時任左僕射。孔愉之子孔汪任廣州刺史，甚有政績，終於任上，他的後人則大多留居當地。
在唐代，有影響的孔氏郡望大致有：會稽山陰(今浙江省紹興)、魯國(今山東省曲阜)、下博(今河北省深縣東南)、常山(郡治在今河北省正定)、南陽(在今河南省西南一帶)。
唐代中期以後，三十五代裔孫孔(王遂)之於唐玄宗開元五年(714年)襲封褒聖侯，又晉為文宣公。天寶之亂時，他率家人寄居於寧陵，卒後即葬在那裡。動亂之後，他的曾孫孔惟睡返歸曲阜，襲封文宣公，寧陵的宗族墓地則由孔惟B至之弟孔惟時一支駐守。和他們同寓於寧陵的還有三十三代褒聖侯孔德倫的次子孔嘆之子孔賢。這兩支形成了孔氏家族中的寧陵派。
二十七代嫡孫孔乘的次子孔景進經四傳，至孔穎達。其後代傳至四十代孔絢，孔絢任丹陽令，其後遂歷代居於河南丹陽，形成了孔氏宗族中的丹陽派。
與孔絢同屬孔穎達後代的四十代孔績，在唐僖宗時為吉州(今江西省臨江)軍事推官，其後歷代居於江西臨江，形成孔氏宗族中的臨江派。
同時期的孔氏族人在南方也有播遷、繁衍。唐昭宗光化三年(900年)，當時的宰相之子孔昌弼隨徐彥若入粵，在南雄縣平林村定居，其子孫分布於南海、番禺、順德、高要、惠州等地。
在以後各代較有影響的各地支派也大多在唐代的中後期漸定格局。比如，三十五代孔言，居於河北獻縣，稱為獻縣派;三十六代孔至，避亂於河南魯山，稱為魯山派;三十八孔瑛，居於湖南濟陽，稱為瀏陽派;三十八代孔時，居於河南郟縣，稱為郟縣派;三十九代孔溫憲，居於湖南桂東，成為桂東派;四十一代孔昌弼避亂於廣東嶺南，成為嶺南派;四十二代孔楠，在江西廬江做官，後來定居在那裡，成為廬江派;四十二代孔檜，逃難至河南平陽，成為平陽派等等。
北宋靖康元年(1126年)，北方的金兵舉兵南犯，從宋都汴京擄走徽、欽二帝，北宋宣告滅亡。徽宗第九子、康王趙構倉皇南下，在當時的南京(今河南省商丘)即皇帝位，為宋高宗，年號建炎。建炎二年(1128年)秋，金兵繼續南下，高宗君臣移駐揚州，於十一月舉行郊祀，召衍聖公參加祀典。此時曲阜的衍聖公是四十八代孔端友，他與從父孔傳(原名孔若吉)奉詔赴揚州。
一年後，金兵氣勢彌盛，高宗君臣渡江南逃至臨安(今屬浙江杭州)，孔端友、孔傳及部分孔子後裔，帶著代代相傳的子貢手摹孔子及亓官夫人楷木雕像隨駕南渡。到杭州後，孔端友上書高宗，痛訴離祖別家之苦，請求賜予安居之地。高宗感念其奉駕南渡，遂頒旨賜其族人在衢州定居，並在那裡興建家廟，供奉孔子及亓官夫人楷木像，一切禮儀同在曲阜時一樣，並欽撥祭田以資祭孔之用。孔氏南宗，就這樣形成了。
這個時期，孔氏南宗以衢州為中心向四方不斷擴大。南宋先後封了孔端友、孔蚧、孔揩、孔文遠、孔萬春、孔洙六代衍聖公，同時，孔氏南宗族人也得以重用。比如，孔端友的堂叔、從父孔傳官至中散大夫，堂兄弟孔端植為湖廣通於令，孔端隱為江陵府推官，孔端弼為大理寺評事，孔端恩為杭州府教授。此外，孔氏南宗還得以按人口計量賜田，免於租稅，以其所得收入的一部分供給孔氏族人衣食用費，一部分用於孔子祭禮。
此後，南宋朝廷又多次賜以恩寵。賜予田地之外，又於寶佑八年(1253年)準衢州知州之請，撥款三十六萬緡，命仿曲阜孔廟之制，在衢州城東北角的菱湖新建孔氏南宗的家廟。當時，此處為“城中勝地，堤岸交錯，島嶼縈迴，士夫別墅，樓閣相望”，可惜到南宋末年，該廟毀於戰火。
在四十八代衍聖公孔端友隨宋高宗的偏安大軍渡江南遷之後，金兵入主中原，建立了偽齊政權，劉豫於阜昌二年(1131年)封孔端友之弟孔端操之子孔璠為衍聖公，主持曲阜孔子林廟的祭事。這樣，儘管孔子的嫡裔孔端友奉先祖及亓官夫人像南去，祭祀先聖的香火依然在曲阜四時繚繞不息。其後偽齊政權垮台，金熙宗於天眷二年(1139年)，仍封孔蹯為衍聖公。至此，孔氏北宗也正式形成。在南宋時期，北宗襲封的先後有孔拯、孔元措、孔湞等人。
稍後，北宗衍聖公孔元措隨同金政權遷往汴州，曲阜由其族兄孔元用主持祀事。寶慶元年(1225年)，宋兵收復山東，以孔元用為衍聖公。寶慶二年，改授孔元用之子孔之全為衍聖公。蒙古族政權占領曲阜後，亦承認了衍聖公孔之全的身份。這樣，在同一時期，形成了南宋、金及元三家朝廷各有一個衍聖公的局面。太宗五年(1233年)，元朝攻下金京汴都，金人所封的衍聖公孔元措又被元朝命為衍聖公，曲阜的衍聖公孔之全被改任曲阜縣令並子孫世襲，不再與衍聖公職位有關聯。
元朝統一中國後，有大臣上書元世祖，認為孔氏南、北二宗應只有一個衍聖公作為正統世襲皇封，按照“大宗之法”，應由孔子嫡傳後裔、此時寄寓衢州的衍聖公孔端友的後代襲封。元世祖採納其說，欽定南宗為衍聖公，並讓其返回曲阜奉祀。至元十九年(1282年)，南宗的第六代衍聖公孔洙奉元世祖詔入京，對皇帝面秉自己的六代先祖均葬於衢州，且建有衢州家廟，自己又堂有老母，實不忍棄離衢州祖廟返回曲阜。他表示願將衍聖公這一爵位讓與北宗的族弟孔治，而自己乞請準予南還衢州奉養老母。元世祖對此大加讚賞，稱孔洙“寧違榮而不違親，真聖人後也”，遂準其所請，免去“衍聖公”稱號，改任為國子監祭酒、承務郎，兼提舉浙東學校事。
元、明、清時期，孔氏族人遷往外地的人數、規模，較以前都有了更大的發展。據《孔子世家譜》記載，自“中興祖”孔仁玉的族人在五十三代“水”字輩分立為“孔氏二十派”後，經五十四代“思”字輩、五十五代“克”字輩、五十六代“希”字輩，到五十七代“言”字輩之間。的百年左右時間裡，因分傳、分戶，遷移到外省外縣的為數很多，上文所述“曲阜六十戶”僅為仍居於曲阜、傳承清晰的六十支族人。
與此同時，早先即遷移到外地的各支孔氏族人中還存在著再度遷移的情況，其中有的是因為自然經濟因素，有的是因為躲避戰亂或為民間流疫所迫，也有一些是因為出仕為官而由官職調動遷至他處，致使部分子弟隨之遷徙並在新的地點留居、繁衍。
這樣，到清朝末年，孔氏族人已分布到全國各地。具體說來，在浙江、江蘇、江西、山東、四川、河南、廣西、福建、河北、安徽、嶺南(治所在廣州，轄約今廣東欽山港以東大部分地區)、湖北、山西、甘肅、吉林、青海、陝西、察哈爾(今河北省西北部及內蒙古自治區錫林郭勒盟)、奉天(約今遼寧省及內蒙古自治區錫林郭勒盟、哲里木盟各一部分)、黑龍江、雲南、貴州等省都有孔氏族人居住。這些散居外地的族人中，以河北省為最多，稱為“河西派”，其始祖是孔子三十一代嫡錄之侄、唐代文學館學士孔穎達。
其他族人在異地他鄉也往往聚族而居，小支每支百餘人或數百人，多的還另立聖裔都，如乾隆時江西金谿縣的四十六都，四十七都、四十八都、四十九都，貴溪縣的三十三都、六十五都，鉛山縣的十九都等，都是這樣建立成名的。到清中葉時，人數眾多，如江南高淳縣漆橋孔氏，傳十幾代後，至嘉慶十年(1805年)已是“子姓相衍，萬有餘丁”;道光九年(1829年)，流寓安徽潛山縣的孔氏族人，由於人丁繁衍，已散居潛山、太湖、懷寧、望江四縣。
孔氏族人向海外的遷徒
從元代開始，孔氏族人就開始了向海外的遷徙。當時，元朝最高統治者為控制高麗，採取聯姻政策。至正九年(1349年)，承懿公主遠嫁高麗忠肅王之子王顓，孔子裔孫、五十四代孔昭為公主所帶侍從之一。到高麗後，孔昭得到高麗王重用，官至門下侍郎同平章事(相當於宰相一職)，先後受封為檜原君、昌原君，死後葬於昌原。
孔昭的後代在高麗累世為官，其子孔帑官至集賢殿大學士同平章事，其長孫孔俯官至判尹，次孫孔德官至門下侍郎同平章事，與孔昭相同，至此，已是孔氏一門三代之中兩人出任高麗朝的宰相。以後世代繁衍，名人輩出，成為朝鮮南部的望族。由於其祖孔昭墓葬在昌原，他們遂以昌原為籍貫。
高麗王朝皇帝崇奉儒學，對孔氏後裔屢予優待。高麗王國正宗十六年(1792年)，國王考求曲阜孔氏族譜後，命高麗國的孔氏以曲阜為籍貫，以示不忘祖先，並仿中國衍聖公之例封以世爵。
韓國孔氏繁衍至今，已延續到86代。他們的取名與中國國內的規矩不同，另外有一套行輩用字。在韓國還有專門的同宗茹人組織，叫作“曲阜孔氏韓國大宗會”，以表示不忘源出於中國的曲阜，在20世紀 80年代曾組團專程赴曲阜祭祖，並在仰聖門(即曲阜城北門)外立碑紀念。另據1987年人口普查統計，韓國的孔姓族人為 17207戶，72382人。
東南亞各國，在清代末期也有孔氏族人移居過去。至於日本及歐美等地的移居，則是在民國期間開始的。
到20世紀末，孔子後裔已遍及世界各大洲，其中，以韓國、朝鮮、日本、馬來西亞、新加坡、印度尼西亞、緬甸、美國等國家和地區數量較多，英國、瑞士、加拿大、澳大利亞等國也有一定數量的孔氏族人。