孔姓起源有四：
一、出自子姓
黃帝是後世所尊崇的“三皇五帝”之一，相傳為遠古時期有熊國君之子，因生長於姬水(即岐山，流經今陝西省)，便以姬為姓。後長期居於軒轅之丘(又稱壽丘，在今山東曲阜東北)，又稱軒轅氏。他登上帝位後，在位百年，歷盡艱難，終成大業，實現了中原各原始部落的大一統。他和傳說中大約同時期的炎帝一起被後人尊為華夏民族的共同祖先。
黃帝一生有25個兒子，有14位得到了姓氏，像後世的姬、酉、祁、己、膝、箴、任、荀、姞、嬛、依等姓，可由此尋到源頭。
黃帝之子玄囂，為己姓，名摯，後采繼位為天子，修太昊之法，後人稱為少昊氏。玄囂死後，葬於曲阜的雲陽山。玄囂之孫嚳為姬姓，成年後，代顓頊為天子，稱為帝嚳。他治理部族成績卓著，和玄囂都被後世尊為“三皇五帝”之列。
相傳黃帝有曾孫帝嚳，帝嚳夫人名簡狄。一次，簡狄出外巡遊，見一隻燕子(玄鳥)掉下一隻蛋，就拿來吞下，不久身感有孕，後來便生下商朝始祖契。契是簡狄吞食燕子(卵)所生，此後便以“子”為姓。從契14傳到商湯，名履字太乙，加姓為子太乙。他有子孫多人，除其中的一人繼承了他的王位外，其餘的也都成為貴族。在這些人中，有人為了紀念他，便將他的姓氏和名字加在一起，略加變更，成為孔姓。此外，繼承他王位的人則世襲為帝王。至商朝滅亡後，商朝末帝紂王的庶兄微子又被周成王分封於宋(今河南省商丘南)，繼續奉祀商湯香火。
微仲衍生子宋公稽，宋公稽生子丁公申，丁公申生子閔公共，這些人先後在宋君的職位上。傳到第四代弗父何時，弗父何將國君之位讓給弟弟鮒祀，自己成為宋卿。他是孔子的先祖中身份由公下降到卿的第一個人物，他這種“讓賢”的做法當時被認為是“明德”，他在以後的三百年里甚至被視為聖人。孔子同時代的人甚至把弗父何作為孔子的先祖，比如魯國大夫孟僖子在評論孔子先世時，曾說：“孔丘，聖人之後也，其祖弗父何。”
弗父何之後又經三代傳到了正考父，仍為宋卿。正考父輔佐過三位國君，不但從不奢侈驕傲，反而隨著聲望的上升，更加為人謙遜，生活儉樸。他在家廟的鼎上曾製作下面的銘文來警醒自己：“一命而僂，二命而傴，三命而俯。循牆而走，亦莫余敢侮。(飠+顫-頁)於是，粥於是，以糊余。”
正考父，仕歷宋戴、武、宣公三朝，有子名嘉，字孔父，史稱孔父嘉，任大司馬。
弗父何以下的幾代一直為宋國的公卿，傳到第五代，也就是正考父之子孔父嘉時，按照“親親之義，五世而盡”的宗法原則，不再列為宋國公室的正式成員，而從公族中分立出來，別為一族，變成了從屬於公族的一個小宗，身份也相應地降為宋國大夫。古籍中提到這件事時，統一的說法是“五世親盡，別為公族”。孔父嘉 以大司馬之職輔佐當時的宋穆公，推行文治武功，使軍事、經濟上弱小的宋國漸漸強盛起來，並成功地抵禦了周圍諸侯國的來犯。然而，這卻為他招來了殺身之禍。
孔父嘉的夫人相貌姣好，被太宰華督窺到。太宰華督為了得到孔父嘉的夫人，派人在國內放出話采：宋君即位10年，大的戰事經歷了11場，給百姓帶來了災難，這些戰事都是孔父嘉主張的，我華太宰決定殺了他來安撫民眾。不久，華督果然帶兵殺死孔父嘉，搶走了他的夫人。這時他的兒子木金父年紀尚小，由家人抱著逃奔魯國。等他長大以後，為紀念生父，便以父親字中的“孔”為姓。後來，木金父的子孫在魯國又傳了4代，便生下孔子。
二、出自姬姓
春秋時衛國大夫孔悝後人以孔為氏。
三、出自媯姓
春秋時陳國孔寧後人以孔為氏。
四、春秋時鄭穆公後人有孔張，其支孫以孔為氏。