上有章第二
上有魂靈[1]下關元，左為少陽右太陰[2]，後有密戶前生門[3]，出日入月呼吸存[4]。
[1]魂：魂魄。靈：神靈。肝木藏魂，心火藏神;木火通明，魂亦附於心。魂靈即絳宮。[2]少陽：膽腑之名，屬木居左。太陰：肺腑之名，屬金居右。[3]密戶：即腎。腎藏精，當密守之。生門：即臍。人之初成胎，胎居母腹，唯以臍以達其氣。又稱命門。[4]日月：人身之日月，有內外之別。人之兩目光明，乃得日月之形象，謂之外日月，人為二氣往來，如日月之運行，謂之內日月。呼吸：出氣為呼屬陽，入氣為吸屬陰，一呼一吸，一出一入，謂之一息。
魂靈為虛，居之於黃庭之上，關元為實，守於真精之玄洞。少陽為腑氣之脈路，在外則循於右，處內則行於左，太陰為藏氣之脈露，在外循於左，處內則行於右。此理可從太極球運轉形式和結構上找到答案。
黃庭為中，其兩側的陰陽自然成對出現。後有命門主持著生命真氣的出入，故為密;前有臍，視之為閉，練之能開啟，故將死戶變生門即此。
從呼吸之中納入萬物的陰陽，存於黃庭之中，此即為采，世間太陽和太陰當然是最大的一對陰陽，合於調息間，則能調協天人合一的道根。
元氣所合列宿分[1]，紫煙上下三素雲[2]。灌溉五華植靈根[3]，七液洞流沖廬間[4]， 回紫抱黃[5]入丹田，幽室內明照陽門[6]。
[1]元氣：指人身之真氣及天地之清氣。《雲芨七簽》作四氣，即四時靈氣。列宿分：即二十八宿分布於周天。[2]紫煙：即紫色，比喻兩目之精光。三素云：指三天至清之氣，比喻三丹田中真元。[3]五華：五藏之精華。靈根：喻人身之命根。心為神根，腎為精根，得元氣之養則靈。[4]七液：指人身五藏二氣之精。廬間：《雲芨七簽》作臚間，即兩眉之間，前額。又一說以身為氣之廬，心為神之舍，廬間即身心之謂。[5]回紫：紫即紫色，喻目光。回紫即返觀內照。抱黃：黃屬土，為人身之中。抱黃：使意不外馳。[6]陽門：即陽宮命門。
“元、三、五、七方至九(久)，列宿本由太極分，安知仙道理何運，先在中黃植靈根。”
元氣來自於天地，合於體內則分成顯隱，目之精華收內運，聚擾散漫三田真。要靠返觀內視這個基本方法將精華聚集起來。
五藏之氣是靈根之恆，要先調好內五行的平衡方能煉出外五行的系統元神。五藏之氣兩儀推，不識陰陽莫亂為，相勝之理自相剋，外采內煉紫氣回。意念的調動是一個關鍵，向內不向外是成功的關鍵。